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JORNADAS DE BIOINFORMATICA 2010

David Rodr�guez D�az — 2010-06-09T07:55:01+00:00

The "X Jornadas de Bioinformática" will be held in Málaga from 27th to 29th October 2010, organized by the Spanish National Bioinformatics Institute in collaboration with the Portuguese Bioinformatics Network and hosted by the University of Malaga (Spain).

Schr�dinger Workshops in Santiago de Compostela

David Rodr�guez D�az — 2010-05-27T13:34:14+00:00

Source: CESGA

Schrödinger Workshops will take place on the 16th and 17th of June 2010 at CESGA facilities in Santiago de Compostela, Spain:
Avenida Vigo, S/N
Campus Vida, E-15705,
Santiago de Compostela (A Coruña),
http://www.cesga.es

The program will cover recent advances in computational chemistry and how to successfully apply them in drug discovery efforts. The workshops run for 2 days and you can register to the day(s) that you find interesting for your research. Theory and hands-on sessions are included so that you can improve your skills on-site together with Schrödinger’s Senior Applications Scientists. These two days will focus on structure-and ligand-based methods and their application in drug discovery.

The objective of the hands-on-sessions is to help Life-Science researchers approaching challenging problems in Computational Biology and Drug Discovery by efficient use of the Schrödinger molecular modeling technology. To take full advantage of the workshop we recommend you to ask for your own Maestro license from now. Maestro is the unified interface for all Schrödinger software and is available to all academic users at no charge.

Schedule

Wednesday, the 16th of June 2010, 9:30-4:30 - Structure-Based Discovery

- Introduction, Live-Demonstration of Schrödinger’s applications, Maestro training, hands-on session
- Protein Preparation, Virtual Screening, Docking and Scoring with Glide

Thursday, the 17th of June 2010, 9:30-4:30 - Ligand-Based Discovery

- Introduction, Live-Demonstration of Schrödinger’s applications, Maestro training, hands-on session
- Virtual screening, Pharmacophore Modeling, Cheminformatics

Registration

Participation is free of charge, but we kindly ask you to register at your earliest convenience as seats are limited. Please remember to specify which day(s) you want to attend and provide your full contact details. to register, please send an e-mail to Katia Dekimeche at Schrödinger Katia.Dekimeche@schrodinger.com

CALL FOR PROPOSALS TO ACCESS ICTS-CESGA

David Rodr�guez D�az — 2010-04-07T11:00:58+00:00

Source: CESGA

Through the Spanish National Plan for Scientific Research, Technological Innovation and Development 2008-2011, CESGA has obtained financing (ICTS-2009-40) from the MICINN to provide access to researchers from the EU, the European Economic Area, and countries member of the Latin American Programme of Science and Technology for the Development (CYTED).

These grants aim to financially cover the access of individual researchers or research groups to ITCS-CESGA to carry out research projects, acquire knowledge or get training in technologies in use at the premises.

The ICTS-CESGA programme offers two types of access:

Access to off-site computing time (remote access). A total of 3 million CPU hours of Finis Terrae computing time is available to ICTS users in 2010.
In-house research visits at CESGA. There are 18 in-house research visits offered through this call, each of a duration of up to 5 weeks.

Access can be requested by predoctoral students, PhDs or researchers with a minimum of three years of research experience.

The ICTS-CESGA Access Programme for 2010 is open and its first call deadline is April 12th, 2010. Proposals submitted until this date will be reviewed by an External Committee and the results of the selection will be notified in May 2010.

For further information visit http://icts.cesga.es

New actualisation of the Cambrigde Structural Database (CSD) at CESGA

David Rodr�guez D�az — 2010-04-07T10:58:41+00:00

Source: CESGA

On April 7th 2010, the February 2010 CSD database actualisation was installed, containing 7380 new structures, which means a a total of 503348 entries in the database.

Cambridge Structural Database (CSD)

Usual users: Inorganic, Organic and Theoretical Chemist.
Potential users: Chemists and Physics , who work in synthesis and characterization of molecular structures, and need comparision with structures identified in Bibliography.
Additional information: see http://www.ccdc.cam.ac.uk/products/csd
Access computer: svgd.cesga.es

USE GUIDE:
The complete Use Guide, as well as the additional information about thies software can be found at the CESGA's official webpage (http://www.cesga.es), under Computation> Applications > Scientific Databases > CSD, or directly in the following URL: http://www.cesga.es/php/mais_info_es.php?id=48
If you want to know the contentes of the new actualisation, in the program ConQuest (cq command) select the options View Databases > Entries in CSD version 5.31 (November 2009) or View Databases
Entries in CSD version 5.31 updates.

If you found any problems with the software or the actualisation, do not hesitate to get in touch with us through aplicacions@cesga.es, pointing out in the subject: “Error in CSD”.

Instalaci�n da suite Schr�dinger 2009

David Rodr�guez D�az — 2010-03-03T09:08:10+00:00

O día 20 de xaneiro de 2010, instalouse a versión 2009 update 2 da suite Schrödinger.

O Software de Schrödinger é unha suite de programas comerciais para a realización de diversos estudos de modelización e simulación molecular, especialmente aplicable ao estudo de biomoléculas, aínda que tamén ten potencial aplicación a outras disciplinas (nanomateriais, moléculas orgánicas).
As principais novidades pódense consultar no siguinte arquivo en formato pdf.

A Rede Galega de Bioinformática (RGB) adquiriu unha serie de licenzas, que pon a disposición da comunidade investigadora adscrita a algunha das institucións públicas galegas. A instalación do software e a xestión das licenzas será xestionada a través do centro de supercomputación de Galicia - CESGA.

Máis infomación

CESGA Computational Science Summer School 2010

David Rodr�guez D�az — 2010-03-03T08:58:55+00:00

Fonte: CESGA

CESGA convoca a segunda CESGA Computational Science Summer School que se celebrará do 21 de xuño ao 15 de setembro de 2010. A Summer School está dirixida a xoves licenciados, enxeñeiros e investigadores que desexen formarse en técnicas de computación e novas ferramentas de cálculo científico. Ademais, a Summer School pretende mostrar os usos actuais da ciencia computacional en diversas aplicacións como Matemáticas, Biomedicina, Nanotecnoloxía, etc.

Durante a Summer School impartiranse os seguintes cursos de formación en programación, optimización e depurado de aplicacións científicas, tanto secuenciais coma paralelas:

Programación en Fortran (22/06-25/06, 09:00 a 14:00 horas)
Programación en C (28/06-02/07, 10:00 a 14:00 horas)
Matemática Computacional: Compilación, execución e optimización de programas (05/07-09/07, 10:00 a 14:00 horas)
Introducción a algoritmos de resolución de aplicacións científicas (12/07-16/07, 10:00 a 14:00 horas)
Programación paralela utilizando directivas OpenMP (19/07-22/07, 09:00 a 14:00 horas)
Introducción á programación en MPI (26/07-29/07, 09:00 a 14:00 horas)
Ferramentas de desenvolvemento de aplicacións paralelas: Debugging e análise do rendemento (02/07-05/07, 09:00 a 14:00 horas)

Adicionalmente aos cursos de formación, celebraranse varios seminarios de presentación da necesidade da ciencia computacional en diversas áreas científicas, impartidos por investigadores especialistas de prestixio internacional.

Toda a información sobre a Summer School pode atoparse neste enlace.

Datas: 21.06.2010 ó 15.09.2010
Nº horas: 140
Lugar: Centro de Supercomputación de Galicia, Avda. de Vigo, s/n (Campus Sur) - Santiago de Compostela
Nº prazas: 12
Contacto: ccsss10@cesga.es

Inscrición:

Para levar a cabo a inscrición debe cumplimentar este formulario.

Licencia del Software Partek disponible en el CESGA

David Rodr�guez D�az — 2009-11-11T16:04:45+00:00

Desde la Red Gallega de Bioinformática (RGB) queremos anunciar la adquisición de 3 licencias flotantes de 1 año del software Partek Genomics Suite, a ser empleada por los miembros de dicha Red. Se trata de una herramienta de informática para analizar datos genómicos, tales como microarrays y tecnologías de secuenciación de última generación.

CURSO DE BIOINFORM�TICA ESTRUCTURAL USC

David Rodr�guez D�az — 2009-10-23T07:50:52+00:00

Curso de Bioinformática Estructural: Modelización y Simulación de Moléculas Biológicas

Curso Teórico-práctico de Formación Continuada - USC de 3 créditos (30 horas)

30 noviembre - 3 diciembre. Aula Nova, Facultade de Dereito - USC

Santiago de Compostela

Plazas disponibles: 35 alumnos

Fecha límite preinscripción: 8 de noviembre

Matriculación: 16-20 noviembre

Curso: 30 noviembre - 3 diciembre

Profesorado

Hugo Gutiérrez de Terán, FPGMX (Santiago de Compostela)

Ángel Piñeiro, USC (Santiago de Compostela)

Baldomero Oliva, UPF (Barcelona)

Jordi Rodrigo, UPSud (París, Francia)

Xavier Daura, UAB (Barcelona)

Francisco Diéguez, OSL-USC (Santiago de Compostela)

David Rodríguez, FPGMX (Santiago de Compostela)

Organizan

Rede Galega de Bioinformática

Universidade de Santiago de Compostela

Fundación Pública Galega de Medicina Xenómica (SERGAS)

Universidade da Coruña

CESGA: Nova actualizaci�n da Cambridge Structural Database (CSD)

David Rodr�guez D�az — 2009-05-28T07:57:46+00:00

Fonte: CESGA

O día 26 de Maio de 2009, instalouse a actualización de Maio de 2009 da base de datos do CSD, contendo 10821 novas estruturas, o que supón un total de 483021 entradas na base de datos.

Oportunidades de formaci�n e investigaci�n en el CESGA

David Rodr�guez D�az — 2009-04-02T17:56:20+00:00

Desde el Centro de Supercomputación de Galicia (CESGA) y durante el año 2009 se ofrecen varias oportunidades de formación e investigación:

1. CESGA convoca la primera CESGA Computational Science Summer School que se celebrará del 15 de junio al 30 de septiembre de 2009. Esta primera Summer School está dirigida a jóvenes licenciados, ingenieros e investigadores que deseen formarse en técnicas de computación y nuevas herramientas de cálculo científico. Además, la Summer School pretende mostrar los usos actuales de la ciencia computacional en diversas aplicaciones como Matemáticas, Biomedicina, Nanotecnología, etc. Más información en http://www.cesga.es/SummerSchool2009 .

2. CESGA busca dos casos singulares de computación, en régimen de concurrencia competitiva, que necesiten recursos computacionales mayores de los límites estándar en el Finis Terrae y con gran interés científico. Más información en http://www.cesga.es/reto2009 .

3. CESGA convoca cuatro estancias de investigación para jóvenes investigadores en el centro durante la celebración de la Summer School. El objetivo de estas estancias será el desarrollo o mejora de una aplicación científica utilizando las herramientas y los conocimientos adquiridos en la etapa de formación de la Summer School. Más información en el apartado en http://www.cesga.es/estancias2009 .

4. Para miembros del proyecto Ingenio Mathematica, el Nodo CESGA ofrece recursos para la ejecución de dos casos singulares de computación con evidente interés matemático que requieran una gran infraestructura como el Finis Terrae. Más información en http://mathematica.nodo.cesga.es/reto2009 .

Instalaci�n da suite Amber10 no CESGA

David Rodr�guez D�az — 2009-03-17T15:26:28+00:00

Fonte: CESGA

O día 16 de marzo instalouse a versión 10 da suite AMBER.
AMBER é un conxunto de programas que permiten ao usuario realizar simulacións de dinámica molecular, fundamentalmente en biomoléculas, baseadas en teorías de campos de forza.
Esta suite está composta de aproximadamente 50 programas. A descrición dos principais pode atoparse en:
http://ambermd.org/#code
Esta versión introduce actualizacións moi significativas respecto da versión 9. As diferenzas poden consultarse directamente na web de AMBER (http://ambermd.org).
Para máis información, consulte a guia de uso.

Instalaci�n da suite Schr�dinger 2008 no CESGA

David Rodr�guez D�az — 2009-02-05T08:41:25+00:00

O día 3 de febreiro de 2009, instalouse a versión 2008 da suite Schrödinger no Centro de Supercomputación de Galicia (CESGA).

O Software de Schrödinger é unha suite de programas comerciais para a realización de diversos estudios de modelización e simulación molecular, especialmente aplicable ao estudo de biomoléculas, aínda tamén ten potencial aplicación a outras disciplinas (nanomateriais, moléculas orgánicas).

A Rede Galega de Bioinformática (RGB) adquiríu unha serie de licencias, que pon a dispor da comunidade investigadora adscrita a algunha das institucións públicas galegas. A instalación do software e a xestión das licencias será xestionada a través do Centro de Supercomputación de Galicia – CESGA.

Mais inf omac ión

Gulbenkian Training Programme in Bioinformatics

Editor gen�rico — 2009-01-12T08:56:04+00:00

Now in its 10th edition, the Gulbenkian Training Programme in Bioinformatics:

MEPA09 - Molecular Evolution, Phylogenetics and Adaptation
IB09- Introductory Bioinformatics
ENSGEN09 - Browsing on genomes with ENSEMBL, Mining with BIOMART
ENSAPI09 - Compara API, Programming workshop
MDAGB09 - Microarray Data Analysis
IPN09 - Interactions, Pathways and Networks
BFB09 - Biostatistical Foundation in Bioinformatics
WPAT09 - Workflows and Programatically Accessible Tools
MLB09 - Machine Learning in Bioinformatics
MMPG09 -Molecular Markers and Population Genetics
TM09 -Translational Medicine
MBL09 - Mining Biomedical Literature
BPB09 - Bioinformatics using Python for Biologists
MDARB09 - Microarray Data Analysis using R and Bioconductor
GB09 - Genome Bioinformatics
RNAB09 - RNA Bioinformatics
BCR09 - Bioinformatics in Cancer Research
SB09 - Structural Genomics
PDA09 -Proteomics Data Analysis
Thank you for your continued interest in GTPB courses

As usual, you can get up-to date information at the GTPB website http://gtpb.igc.gulbenkian.pt

Oferta trabajo CIALE

Jos� Antonio Seoane Fern�ndez — 2008-11-27T11:39:53+00:00

OFERTA TESIS BIOINFORMATICA

El grupo de Genética del CIALE (Centro Hispanoluso de Investigaciones Agrarias, http://ciale.usal.es ) de la Universidad de Salamanca busca un estudiante que desee hacer el doctorado en bioinformática con una beca FPI. Se trata de una beca asociada al proyecto siguiente:

Título del proyecto: Análisis bioinformático y funcional de la evolución de genes de patogenicidad en hongos. Ref. (AGL2008-03177/AGR) Investigador principal: Thon, Michael R.

Las personas que estén interesadas pueden obtener mas información acerca de las actividades del grupo en nuestra pagina Web

http://bioinformatica.vil.usal.es/

Se requiere la licenciatura en Biología, o Bioquímica, Biotecnología y similares, con un buen expediente. Por favor incluir calificaciones.

La convocatoria de becas FPI se realizará en las próximas semanas. El plazo de presentación de solicitudes será, aproximadamente, desde la entrada en vigor de la convocatoria hasta mediados del mes de enero. http://web.micinn.es/ (Bajo Formación). No obstante, la apertura y duración de dicho plazo dependerá de la fecha concreta de publicación de la convocatoria en el Boletín Oficial del Estado.

Interesados enviar su curriculo a Dr. Michael R. Thon mthon@usal.es, Dra. Serenella A. Sukno, ssukno@usal.es

Supercomputer provides massive computational boost to biomedical research at TGen

David Rodr�guez D�az — 2008-10-29T08:32:42+00:00

In less time than the blink of an eye, the Translational Genomics Research Institute's new supercomputer at Arizona State University can do operations equal to every dollar in the recent Wall Street bailout. That would be 700 billion computations in less than 1/60th of a second, says Dan Stanzione, director of the High Performance Computing Initiative at ASU's Ira A. Fulton School of Engineering.

The "Saguaro 2" supercomputer, housed on the first floor of ASU's Barry M. Goldwater Center for Science and Engineering, is capable of 50 trillion mathematical operations per second. "That's the equivalent of taking a calculator and doing one operation per second, by hand, continuously for the next one and a half million years," Stanzione said.