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INSTITUCIONES
Universidade de Santiago de Compostela
Universidade Da Coruña
Universidade de Vigo
Centro de Supercomputación de Galicia (CESGA)
GRUPOS DE INVESTIGACIÓN
Grupo Rnasa-IMEDIR
Grupo de Medicina Xenómica
Grupo Biofarma
Laboratorio de Biología Evolutiva Computacional
Grupo de Genética de Poblaciones
Grupo MathBioInfo
RECURSOS
Centro de Supercomputación de Galicia (CESGA)
Barcelona Supercomputing Center (BSC)
REDES, NODOS Y PORTALES DE BIOINFORMÁTICA
BioBar 1.5.3 para Firefox Barra de herramientas para el navegador Firefox con las principales instituciones y bases de datos de biología molecular.
Bio-computing.org
Completísimo portal de bioinformática. Especialmente destacable la
sección de "Links", con apartados de software, bases de datos,
noticias, vídeos... También cuenta entre otras con secciones de
artículos, empleo, bibliografía y foro.
Bioinformaticsweb.tk
Portal de bioinformática muy completo. Prestad especial atención al
gran número de bases de datos y herramientas; además de apartados como
introducción a la bioinformática, tutoriales, proyectos, principales
centros del área, etc.
Bioinformatics.org Multitud de utilidades, bases de datos, bibliografía e información de cursos y empleo de bioinformática.
Ariadne Software y bases de datos de "Systems Biology".
BioInfo Bank
Varias bases de datos que relacionan estructura y función de proteínas,
además de herramientas para analizar interacción proteína-DNA y
proteína-ligando.
BioWiki.org
Portal con enlaces a software libre y artículos sobre bioinformática.
Especialmente centrado en filogenética (no dejar pasar la sección
"Movies").
BASES DE DATOS
[ver "Redes, nodos y portales de bioinformática"]
CATH Clasificación jerárquica de dominios de proteínas.
PFam Base de datos de familias de proteínas.
SCOP Relación evolutiva de proteínas.
The Dali Server Alineamiento estructural múltiple a partir de una estructura problema.
GO La base de datos de ontología de genes.
KEGG La enciclopedia de Kyoto de genes y genomas.
HapMap Catálogo de las variaciones genéticas comunes en seres humanos.
SPSmart Interfaz que permite presentar información existente en las principales bases de datos genotípicos poblacionales, ordenando los datos según los más habituales índices de referencia (frecuencias alélicas, heterocigosidad...).
Human Proteinpedia Portal para compartición e integración de datos de proteínas humanas, aportando y manteniendo anotaciones proteicas.
PDSP NIHM Psychoactive Drug Screening Programme.
PhilomeDB Colección de todo el conjunto de relaciones filogenéticas de las proteínas de un organismo
gpDB Base de datos de proteínas G y su interacción con GPCR's
SOFTWARE: Portales / Suites o servidores multiherramienta
[ver "Redes, nodos y portales de bioinformática"]
Softberry Multitud de programas para bioinformática en línea.
C.A.M.E. Services Varias herramientas centradas en plegamiento y estructura de proteínas (especial atención a Fold Space Navigator y ProSa).
Molecular Biology Servers Varios servidores útiles en Bioinformática estructural: alineamiento estructural, búsqueda de cavidades, validador de ligandos...
EMBOSS
Suite de programas open-source que cuenta, entre otros, con
herramientas de análisis de secuencias y numerosas librerías de
programación.
CLC Free Workbench
Consta de muchas aplicaciones como creación y edición de alineamientos
de secuencia, búsqueda en bases de datos integrada, análisis de
restricción, etc.
SOFTWARE: Análisis de secuencias
[ver "Redes, nodos y portales de bioinformática"]
ClustalX Alineamiento de secuencias (local).
EBI tools Servidor de distintos programas de análisis de secuencias: MUSCLE, T-Coffee, ClustalW, Align, transeq, etc.
ExPASy tools Herramientas de proteómica y análisis de secuencia, entre otros.
T-coffee Portal con las distintas variantes de T-coffe.
Dialign
Alineamiento múltiple de secuencias. Se puede enviar la secuencia a un
servidor ("Submission") o descargarse el software ("Download", no
existe versión Windows).
BAliBASE 3 Alineamiento múltiple de secuencias.
SOFTWARE: Análisis estadístico de datos genómicos.
R project Página oficial del programa estadístico R.
Bioconductor Proyecto de código abierto y desarrollo abierto de
software para el análisis de datos genómicos, muy indicado para
microarrays.
Tm4 suite Colección de programas para el análisis y manejo de datos generados por microarrays desarrollado en el TIGR.
SOFTWARE: Filogenética
Darwin Programas de bioinformática evolutiva de la Universidad de Vigo.
Lista de programas filogenéticos de Joe Felsenstein
SOFTWARE: Visualizadores de estructuras 3D / Modelling / Cálculo de estructuras / Docking
PyMol Visualizador de estructuras 3D.
gOpenMol Visualizador de estructuras 3D.
KryoMol Visualización de estructuras químicas en entorno de escritorio KDE.
VMD Visualizador / Modelling.
YASARA Visualizador / Modelling.
Amber Dinámica molecular (de pago).
Gaussian Predicción de estructuras electrónicas (de pago).
GOLD Programa de docking (de pago).
Haddock Programa de docking proteína-proteína.
ClusPro Servidor de docking proteína-proteína.
SOFTWARE: Análisis de datos basados en aprendizaje máquina
Weka Conjunto de algoritmos de aprendizaje máquina para análisis de datos escrito en Java.
BioWeka Extensión del WEKA para análisis de datos biológicos.
Emergent Software de simulación de redes neuronales.
Genesis Software de simulación de redes de neuronas.
SOFTWARE: Programación
Perl
CPAN Comprehensive Perl Archive Network: Todo sobre Perl.
BioPerl Conjunto de librerias de procesado de datos biológicos de código abierto.
Python
BioPython Herramientas en phyton para biología computacional.
Java
Biojava API de codigo abierto para procesado de datos biológicos.
BioSQL Sistema de gestión de bases de datos común para los diferentes lenguajes de programación "Bio"
SOFTWARE: Distribuciones Linux especializadas en Bioinformática
DNALinux Distribución basada en Xubuntu (antes BioShell).
BioPuppy Distribución basada en Puppy Linux. Sistema operativo mínimo con múltiples herramientas de bioinformática y biología computacional.
SOFTWARE: Utilidades
BioSeq File Format Converter Conversión entre los diferentes formatos de texto en los que se pueden encontrar las secuencias de ADN, ARN o proteínas.
TextPad Editor de texto.
Babel Molecule Format Converter Convertidor de formatos de estructuras moleculares (SDF, SML, MOL2, PDB, FASTA...)
FORMACIÓN Y DOCENCIA: Posgrado en Bioinformática
Master en Bioinformática para Ciencias de la Salud - UPF
Máster en Bioinformática y Biología Computacional - UCM
Máster en Bioinformática - UIA (no presencial)
Posgrado en Bioinformática: Genómica y Biología Estructural - UOC (no presencial)
Master en Bioinformatica - University of Manchester & University of Leeds (no presencial)
Master in Bioinformatics and Computational Biology - University of Lisbon
Master in Bioinformatics - Universidad Católica de Leuven
Master's in Bioinformatics - Universidad de Nijmegen
Master's Degree in Proteomics and Bioinformatics - Universidad de Génova
Masters of Science in Bioinformatics - Georgia Tech
PhD Studies at EBI
International PhD Program - Biozentrum, University of Basel
Computational Biology PhD Programme - Training Programme in Bioinformatics Programa de doctorado y cursos de distintas áreas de la Bioinformática organizados por el Instituto Gulbenkian de Ciencia (Portugal)
EBI Hands-On Training Cursos eminentemente prácticos, organizados por el Instituto Europeo de Bioinformática
FORMACIÓN Y DOCENCIA: Material didáctico / Cursos on-line
2can Incluye muchos ejemplos y tutoriales en línea. Altamente recomendado.
FORMACIÓN Y DOCENCIA: Divulgación
WikiOmics Wiki de bioinformática.
Bioinformatics Books
Blog de Bioinformática Gestionado por José Mª Fernández, es el principal blog de bioinformática en lengua castellana.
Bioinformatics Zen
Computational Biology and Evolution
Molecular Descriptors
TRABAJO
Trabajo y becas Enlace al foro del mismo título de la página de la Red Temática Nacional de Bioinformática (especial atención al enlace hacia la sección de trabajo del Master de Bioinformática de la UPF).
Career Sección de noticias relacionadas con este aspecto del portal del Instituto Nacional de Bioinformática (INB)
PUBLICACIONES
INICIATIVAS VARIAS
Volunteer Computing - Active projects
Proyectos que tratan de resolver problemas científicos empleando
recursos libres de ordenadores de usuarios voluntarios. Especial
atención a los centrados en biología (
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).
Protein Structure Prediction Center
Centro organizador del CASP, concurso en el que se trata predecir la
estructura terciaria de una proteína problema a partir de su secuencia.
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